“谢谢啊！”
地鼠们贴心的把扔出去的精灵球送回到了训练家的手上，训练家们纷纷道谢。
在友好的氛围里，训练家们纷纷撤退，毕竟连神奇宝贝都叫不出来，再留在这里也没有什么作用了。
只有小智留了下来想搞清楚状况。
跟随着地鼠们的踪迹，小智等人来到了一个树木田。
原来地鼠们是为了守护这个树木田，守护其他神奇宝贝的家园才会阻止水库的建成。
而训练家的神奇宝贝们也是知道了这一点才会不从精灵球里出来的。
了解了地鼠的事，小智再次出发，终于到达了浅红市。
浅红市道馆的馆主是个忍者，所以在小智经历了机关门、玻璃墙、飞镖、雷电球电击陷阱等重重“关卡”，终于见到了“馆主”——忍者凌子。
“就决定是你啦！妙蛙种子！”
凌子提出了1V1的神奇宝贝决斗，只有赢过她，小智才能离开这个道馆。
而小智的妙蛙种子很容易的解决了凌子的毛球！
不过就在这时，真正的馆主出现了！也就是凌子的大哥！
“总之，你们要先跟我决斗，只有赢了我，才能够走出这里！”
“你是谁啊？”小智疑惑的问道。
刚才的女忍者说赢了她就可以的，结果现在又冒出来一个。
“远近驰名的浅红市道馆馆主阿桔，就是我了！”
“原来你才是馆主啊！”原来打错人了。
跟阿桔的战斗采取了2V2的战斗方式。
而阿桔派出的神奇宝贝则是跟凌子一样的毛球，不过却在上场后进化成了末入蛾，直接用麻痹粉和睡眠粉的连招秒杀了小智派出的比比鸟！
“这不是跟金黄市的娜姿一样的神奇宝贝吗？那好，既然这样的话，出来吧，路卡利欧！”
鹿云一出现，瞬间对着房顶释放了波导弹！
“好讨厌的感觉！”
藏在屋顶上的火箭队瞬间被打飞到天上， 完全没有了出场机会。
“看来你的神奇宝贝也很优秀呢！”阿桔看了眼空空的房顶，心里思考到底要不要让小智赔呢？
“很好，那接下来就完成我们刚才没有结束的战斗吧！”
“路卡利欧，使用......算了，你自己决定就好了！”
虽然小智想指挥，但除了名字，其他的东西小智根本就不知道。
连路卡利欧一直用的紫色的光球小智都不知道叫什么名字！
“末入蛾，使用麻痹......”
阿桔还没说话，就发现自己的末入蛾被秒杀了！
“纳尼！这是什么神奇宝贝？既然这样的话，没办法了，上吧，大嘴蝠！”
没见过大嘴蝠的小智立刻拿出了神奇宝贝图鉴，查看大嘴蝠的信息。
［大嘴蝠，有尖锐的牙齿，咬住对手后会吸取300cc血液的神奇宝贝！］
“路卡利欧，小心啊！”小智握紧了自己的拳头。
一听就是很厉害的神奇宝贝，路卡利欧一定要撑住啊！
“你紧张个什么劲啊！路卡利欧的实力你不是已经见识过了吗？紧张的应该是那个忍者才对啊！”小霞吐槽道。
不过小霞也确实说的没错，忍者阿桔此时紧张的盯着自己的神奇宝贝球。
在大嘴蝠出来的一刹那就赶紧发出了自己的命令！
“大嘴蝠！快飞高一点！”
这是飞行属性的神奇宝贝最大的优势！
大嘴蝠成功飞到了高空，不过阿桔也没有因此而变得放松，刚才路卡利欧的波导弹阿桔可是见过的。
“大嘴蝠！使用超音波！”
鹿云可不想体验大嘴蝠的超音波，通过侦测对方发出的波导，预测了大嘴蝠最后行动。
然后鹿云一发波导弹直接命中了大嘴蝠，帮助小智成功拿下了浅红徽章！
鹿云打了个哈欠，钻进了神奇宝贝球里，这种玩游戏开了秒杀挂的感觉实在是无聊了些。
不过很快，鹿云就有了主意。
在小智的现在所在的大峡谷，鹿云记得这里是有一个化石翼龙的。
鹿云决定要把这个化石翼龙降服，让它给自己打工！
大峡谷里，无数的人挖着神奇宝贝化石！
而同样在这里的火箭队则想着直接炸掉这个地方，这样就不用一点点的去挖了！
发现了火箭队意图的小智直接跳出来想去阻止火箭队的行动。
不过因为操作上的意外，小智跟火箭队一起因为爆炸而掉进了地下的洞穴里。
在地下洞穴，小智和火箭队发现了各种各样的古代神奇宝贝。
［菊石兽，多刺菊石兽，化石盔，镰刀盔，被认为是几万年前绝种的神奇宝贝，其生态和习性一切都是个谜，至今仍然有人认为，它们可能活在某些地方，可是尚未有人发现！］
“听到了没有了啊小次郎！绝种的神奇宝贝耶！我们发达了呀！”
“听到了，听到了！我们将成为幸存的古代神奇宝贝的发现者而名留青史了！”
“老大对我们的评价也会提高！”
“喵！这样我吃的猫罐头也能升级喽！”
神奇宝贝图鉴的声音瞬间让武藏、小次郎还有喵喵兴奋起来！
不过这些被爆炸打扰了的神奇宝贝就不怎么高兴了！
对于小智这几个入侵者，镰刀盔高举自己的“大镰刀”，领着身后一群古代神奇宝贝就朝着小智等人冲了上来！
“出来吧！火恐龙！”
“出来吧！双弹瓦斯！阿柏怪！”
不过很快，在火恐龙罢工看戏的情况下，双弹瓦斯和阿柏怪被古代神奇宝贝欺负的不要不要的。
而就在这时，围攻小智等人的神奇宝贝忽然纷纷撤退，小智等人还没来得及高兴，一个更加恐怖的神奇宝贝出现了！
就在小智等人拼命逃跑的时候，洞穴上面的小霞等人和被找来的君莎小姐则拼命的挖着因爆炸产生的石块。
“小智，你千万不能出事啊，你还没有还我的脚踏车啊！”
小霞在洞穴出口哇呀哇呀哇，然后就挖出来了一个可怕的化石翼龙！
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