神功元年，公元697年，正月己亥朔日，太后在通天宫举行祭祀大典。
突厥首领默啜进犯灵州，还挟持着许钦明一同前往。许钦明到了灵州城下大声呼喊，索要美味的酱、高粱米和墨，意思是让城中守将挑选良将，率领精兵趁夜突袭敌营，可城中没人领会他的意图。
箕州刺史刘思礼向术士张憬藏学习相面之术，张憬藏说刘思礼会担任箕州刺史，最终能官至太师。刘思礼心想太师是臣子中的最高官位，若非辅佐君主成就大业的功臣，根本无法得到，于是便和洛州录事参军綦连耀图谋造反，暗中勾结朝中官员，借着相面的名义许诺他人富贵前程，等对方心生欢喜后，就劝说：“綦连耀有上天授予的帝王之命，你一定要依靠他才能获得富贵。”凤阁舍人王勮兼任天官侍郎，举荐刘思礼担任了箕州刺史。
明堂尉、河南人吉顼得知了他们的谋反阴谋，便禀报给合宫尉来俊臣，让来俊臣向朝廷告发此事。太后派河内王武懿宗审理这个案子。武懿宗让刘思礼牵连更多朝中官员，还许诺赦免他的死罪，只要是稍有不合他心意的人，都让刘思礼指认成同党。于是刘思礼诬告凤阁侍郎、同平章事李元素，夏官侍郎、同平章事孙元亨，代理天官侍郎石抱忠、刘奇，给事中周譒，以及王勃的兄长泾州刺史王勔、弟弟监察御史王助等，一共三十六家，这些人都是天下有名的贤士。武懿宗对他们用尽酷刑，最终罗织成案。壬戌日，这些人全部被灭族，因亲属关系而被牵连流放的有一千多人。
起初，武懿宗表面上对刘思礼宽大处理，让他诬告牵连其他人。等这些人都被处斩后，才将刘思礼逮捕入狱，刘思礼这时后悔莫及。自天授年间以来，太后多次派武懿宗审理案件，他喜好诬陷他人，当时的人认为他的残酷程度仅次于周兴和来俊臣。
来俊臣想独占告发谋反的功劳，又反过来罗织罪名诬告吉顼；吉顼赶紧向朝廷告发谋反之事，得到太后召见，才侥幸免于一死。来俊臣也因此事被重新起用，而吉顼也凭借这次告发得到提拔。来俊臣的党羽罗织罪名告发司刑府史樊惎谋反，樊惎被处死。樊惎的儿子在朝堂上为父鸣冤，却没人敢受理，他便拔刀剖开自己的肚子。秋官侍郎、上邽人刘如璿看到这一幕，私下叹息流泪。来俊臣上奏说刘如璿是恶逆之人的同党，便将他关进监狱，判处绞刑；太后后来下诏改判他流放绞州。
尚乘奉御张易之，是张行成的族孙，年纪轻轻，容貌俊美，擅长音律。太平公主举荐张易之的弟弟张昌宗入宫侍奉太后，张昌宗又举荐了张易之，兄弟二人都深得太后宠幸，常常敷粉施朱，穿着华丽的锦缎衣裳。张昌宗接连升迁至散骑常侍，张易之担任司卫少卿；太后还册封他们的母亲韦氏、臧氏为太夫人，赏赐的财物数不胜数，甚至下令凤阁侍郎李迥秀做臧氏的情夫。李迥秀，是李大亮的族孙。武承嗣、武三思、武懿宗、宗楚客、宗晋卿等人，都争相等候在张易之的家门，抢着为他牵马执鞭，称呼张易之为五郎，称呼张昌宗为六郎。
癸亥日，突厥默啜进犯胜州，平狄军副使安道买率军击败了突厥军队。甲子日，朝廷任命原州司马娄师德为凤阁侍郎、同平章事。
春季，三月戊申日，清边道总管王孝杰、苏宏晖等人率领十七万大军，与契丹首领孙万荣在东硖石谷交战，唐军大败，王孝杰战死。
王孝杰遭遇契丹军队后，率领精兵担任前锋，奋力拼杀。契丹军佯装撤退，王孝杰率军追击，行军到背靠悬崖的地方时，契丹军突然回兵逼近，苏宏晖率先逃跑，王孝杰失足坠崖身亡，手下将士几乎全军覆没。管记、洛阳人张说骑马飞奔回朝奏报战况。太后追赠王孝杰官职爵位，派使者去斩杀苏宏晖示众；使者还没赶到，苏宏晖就因为立下战功而被赦免。
武攸宜率军驻扎在渔阳，得知王孝杰等人全军覆没的消息后，军中上下震惊恐慌，不敢继续进军。契丹军乘胜进犯幽州，攻克城池，劫掠官吏百姓，武攸宜派兵出击，没能取胜。
阎知微与田归道一同出使突厥，奉命册封默啜为可汗。阎知微在途中遇到默啜的使者，就擅自把红色的官袍、银色的腰带赏赐给对方，还上奏太后说：“突厥使者抵达都城后，应当大摆宴席，隆重接待。”田归道却上奏说：“突厥背叛朝廷已有多年，如今才悔过自新，应该等待太后降下恩典，再赦免他们的罪过。现在阎知微擅自赐给他们袍带，让朝廷没有更高级别的赏赐可以再授予；应当下令让突厥使者恢复原来的服饰，等候朝廷的恩赏。此外，突厥小国的使臣，不值得如此隆重地铺张接待。”太后认同田归道的说法。阎知微见到默啜后，行跪拜叩首的大礼，甚至还亲吻默啜的靴尖；田归道只是拱手行礼，并不下拜。默啜将田归道囚禁起来，打算处死他，田归道神情言辞毫不屈服，斥责默啜贪得无厌，还为他陈述其中的祸福得失。突厥的阿波达干元珍说：“大国的使者，不能杀害。”默啜的怒气才稍稍平息，只是将田归道拘留，没有放他返回。
当初，咸亨年间，突厥有前来投降的人，朝廷都把他们安置在丰、胜、灵、夏、朔、代六个州。到这时，默啜请求朝廷归还这六个州的投降部众，以及单于都护府管辖的土地，同时索要谷种、丝绸布匹、农具和铁，太后没有应允。默啜大怒，言辞傲慢无礼。姚璹、杨再思因为契丹还没平定，便请求太后答应默啜的所有要求。麟台少监、代理凤阁侍郎、赞皇人李峤说：“戎狄贪婪且不守信用，答应他们的要求，就是人们常说的‘把武器借给贼寇，把粮食送给强盗’，不如整顿军队，防备他们进犯。”姚璹、杨再思执意请求满足默啜，太后于是下令将六州的数千帐投降部众全部驱逐给默啜，还赏赐四万斛谷种、五万段各色丝绸、三千件农具、数万斤铁，并且答应与突厥通婚。默啜的势力因此变得更加强大。
田归道终于得以返回朝廷，与阎知微在太后面前争论。田归道认为默啜必定会违背约定，不能依靠和亲政策，应当做好防备。阎知微却认为和亲一定能确保边境安宁。
夏季，四月，朝廷铸造的九鼎完工，被移放到通天宫。豫州鼎高一丈八尺，能容纳一千八百石粮食；其余各州的鼎高一丈四尺，能容纳一千二百石粮食；每座鼎上都绘制着当地的山川物产图案，铸造九鼎总共耗费了五十六万零七百多斤铜。太后想用一千两黄金给九鼎镀金，姚璹进言说：“九鼎是神圣的器物，贵在其天生的质朴本色。况且我看九鼎之上五彩斑斓，相互辉映，不必依靠金色来彰显光彩。”太后听从了他的建议。九鼎从玄武门被拖入宫中，太后下令让宰相、各位亲王率领南北衙的禁军十多万人，连同宫内的大牛、白象，一同牵拉九鼎。
前任益州长史王及善已经退休，恰逢契丹作乱，崤山以东地区局势动荡，朝廷便征召他担任滑州刺史。太后召见王及善，询问朝廷的利弊得失，王及善陈述了十多条治理乱世的关键策略。太后说：“地方州郡的事务都是琐碎小事，你所说的这些才是国家的根本大计，你不能离开朝廷。”癸酉日，朝廷将王及善留在京城，任命他为内史。
癸未日，朝廷任命右金吾卫大将军武懿宗为神兵道行军大总管，与右豹韬卫将军何迦密率军攻打契丹。五月癸卯日，又任命娄师德为清边道副大总管，右武威卫将军沙吒忠义为前军总管，率领二十万大军攻打契丹。
在此之前，有个名叫朱前疑的人，向太后上书说：“臣梦见陛下寿高八百岁。”太后当即任命他为拾遗。朱前疑又自称：“臣梦见陛下头发白了之后又变得乌黑，牙齿掉了之后又重新长出。”他因此升任驾部郎中。后来朱前疑出使回来，又上书说：“臣听到嵩山高呼万岁。”太后赏赐给他红色的算袋，当时他还不是五品官，只能在绿色的官袍上佩戴这个算袋。恰逢朝廷发兵征讨契丹，下令京官每人捐献一匹马供军队使用，承诺捐献后授予五品官阶。朱前疑买了一匹马上交朝廷，随后屡次向太后上奏表，请求晋升官阶；太后厌恶他的贪婪卑鄙。六月乙丑日，下诏退还他上交的马匹，将他罢官遣返回乡。
右司郎中、冯翊人乔知之有个貌美的小妾名叫碧玉，乔知之因为宠爱她而没有娶妻。武承嗣派人把碧玉借去，让她教导自己的姬妾，之后便将她留下，不肯归还。乔知之写了一首《绿珠怨》诗寄给碧玉，碧玉看后投井而死。武承嗣在碧玉的裙带上发现了这首诗，勃然大怒，示意酷吏罗织罪名诬告乔知之，最终将乔知之灭族。
司仆少卿来俊臣倚仗权势，贪婪淫逸，只要是士民妻妾中有容貌美丽的，他就想方设法占为己有；有时派人罗织罪名诬告她们的丈夫，再假传太后的敕令夺取她们为妻，前前后后罗织罪名诛杀的人，多得数不清。从宰相以下的官员，他都登记姓名，按计划夺取他们的妻妾。他还自称才能堪比石勒。监察御史李昭德向来憎恶来俊臣，又曾在朝堂上羞辱秋官侍郎皇甫文备，于是二人一同诬告李昭德谋反，将他关进监狱。
来俊臣打算罗织罪名诬告武氏诸王和太平公主，还想诬陷皇嗣和庐陵王与南北衙禁军一同谋反，希望借此篡夺国家大权，河东人卫遂忠告发了他的阴谋。武氏诸王和太平公主十分恐惧，一同揭发他的罪行，来俊臣被关进监狱，有关部门判处他死刑。太后想要赦免他，相关的奏章呈上去三天，都没有批复。王及善说：“来俊臣阴险狡诈、贪婪残暴，是国家的头号恶人，不除掉他，必定会动摇朝廷的根基。”太后在御苑游玩时，吉顼为她牵马，太后询问宫外的事情，吉顼回答说：“宫外的人都只对来俊臣的奏章没有批复感到奇怪。”太后说：“来俊臣对国家有功，朕正在考虑这件事。”吉顼说：“于安远告发虺贞谋反，后来虺贞果然谋反了，于安远现在也不过是个成州司马。来俊臣聚集不法之徒，诬陷残害善良之人，受贿的赃物堆积如山，被他害死的冤魂塞满道路，他是国家的奸贼，有什么值得可惜的呢！”太后这才批复了处死来俊臣的奏章。
丁卯日，李昭德、来俊臣一同在闹市被斩首示众，当时的人无不惋惜李昭德，而对来俊臣的死拍手称快。来俊臣的仇家争相去吃他的肉，片刻之间就吃光了，又挖出他的眼睛、剥下他的脸皮、剖开他的肚子取出心脏，再将尸体踩踏成肉泥。太后知道天下人都憎恨来俊臣，于是下诏历数他的罪行，并且说：“应当对他处以灭族之刑，以平息百姓的愤怒，可依法没收他的家产。”士民百姓都在路上相互庆贺说：“从今往后，睡觉的时候后背才能贴着席子安稳躺下了！”
来俊臣因为告发綦连耀谋反有功，被赏赐了十个奴婢。来俊臣到司农寺挑选奴婢，没有找到满意的，他听说西突厥可汗斛瑟罗家有个擅长歌舞的年轻婢女，想要将她占为己有，于是派人诬告斛瑟罗谋反。西突厥的各位酋长赶到朝堂，割耳划脸为斛瑟罗鸣冤的有数十人。恰逢来俊臣被处死，斛瑟罗才得以幸免。
来俊臣当权的时候，吏部接受他的嘱托，不按常规授予官职，每次铨选官员都有数百人得到破格任用。来俊臣倒台后，吏部侍郎们都主动向太后自首。太后斥责他们，他们回答说：“臣辜负了陛下，罪该万死！臣破坏国家的法度，罪责只在臣一人；但如果违背来俊臣的命令，立刻就会被灭族。”太后于是赦免了他们。
上林令侯敏向来谄媚侍奉来俊臣，他的妻子董氏劝谏他说：“来俊臣是国家的奸贼，不久就要败亡了，你应当远离他。”侯敏听从了妻子的建议。来俊臣得知后大怒，将侯敏贬为武龙县令。侯敏不想去赴任，董氏说：“赶紧动身，不要停留！”来俊臣败亡后，他的党羽都被流放到岭南，只有侯敏得以幸免。
太后征召于安远担任尚食奉御，提拔吉顼为右肃政中丞。朝廷任命检校夏官侍郎宗楚客为同平章事。
武懿宗率军抵达赵州，听说契丹将领骆务整率领数千骑兵即将进犯冀州，心中恐惧，想要向南逃跑。有人说：“敌军没有粮草辎重，依靠劫掠来补给军需，如果我们按兵不动，坚守城池，敌军势必会离散，到时候我们再趁机出击，就能立下大功。”武懿宗没有听从，率军退守相州，丢弃了大量的军用物资和兵器。契丹军于是血洗赵州。
甲午日，孙万荣被自己的家奴杀死。
孙万荣击败王孝杰的大军后，在柳城西北四百里处凭借险要地势修筑城池，留下老弱妇孺和缴获的武器物资，派妹夫乙冤羽镇守，自己率领精兵进犯幽州。他担心突厥默啜从背后袭击，便派五个人前往黑沙，对默啜说：“我已经击败了王孝杰的百万大军，唐朝人已经吓破了胆，请可汗和我乘胜一同攻取幽州。”其中三个人先赶到黑沙，默啜十分高兴，赏赐给他们红色的官袍。另外两个人后到，默啜恼怒他们延误行程，打算杀死他们，这两个人说：“请允许我们说一句话再死。”默啜询问原因，二人把孙万荣的真实意图告诉了他。默啜于是杀死先到的三个人，赏赐给后到的二人红色官袍，让他们做向导，发兵攻打契丹的新城，还将俘获的凉州都督许钦明斩杀祭天；默啜率军围攻新城三天，将城池攻克，把城中的人全部俘虏后返回。他派乙冤羽骑马飞奔去禀报孙万荣。
当时孙万荣正与唐军对峙，军中将士得知新城失守的消息后，军心大乱，惶恐不安。奚人背叛了孙万荣，神兵道总管杨玄基率军从正面进攻，奚人军队从背后袭击，俘获了契丹将领何阿小。孙万荣的大军溃败，他率领数千轻骑兵向东逃窜。前军总管张九节派兵在途中截击，孙万荣走投无路，和家奴逃到潞水东岸，在树林下休息，叹息说：“如今想要归降唐朝，罪孽已经太重；归降突厥是死路一条，归降新罗也是死路一条。我要到哪里去呢！”家奴趁机砍下他的首级投降，朝廷将孙万荣的首级悬挂在四方馆门前示众。契丹剩余的部众以及奚人、霫人都投降了突厥。
戊子日，朝廷任命特进武承嗣、春官尚书武三思同为凤阁鸾台三品。
辛卯日，太后下诏，因契丹刚刚平定，命河内王武懿宗、娄师德和魏州刺史狄仁杰分路前往黄河以北地区安抚百姓。武懿宗所到之处，手段残酷，凡是被契丹胁迫跟从、后来又归顺朝廷的百姓，都被他认定为谋反之人，他还活生生地挖出这些人的心脏。在此之前，何阿小也生性嗜杀，黄河以北的百姓编了一句顺口溜说：“唯此两何，杀人最多。”
武承嗣、武三思一同被罢免了宰相职务。
庚午日，武攸宜从幽州凯旋回朝。武懿宗上奏太后，请求将黄河以北曾依附契丹的百姓全部灭族，左拾遗王求礼在朝堂上直言反驳道：“这些百姓向来没有军备，力量抵挡不住叛军，只是暂且顺从以求活命，哪里有叛国的心思！武懿宗手握数十万强兵，却望风而逃，致使叛贼势力蔓延，如今又想把罪责推到受连累的平民身上，身为臣子实属不忠，请先斩杀武懿宗以向黄河以北的百姓谢罪！”武懿宗无言以对。司刑卿杜景俭也上奏说：“这些人都是受胁迫而顺从叛军的，请求全部赦免他们。”太后听从了杜景俭的建议。
八月，丙戌日，纳言姚璹因事获罪，被贬为益州长史，朝廷任命太子宫尹豆卢钦望为文昌右相、凤阁鸾台三品。
九月，壬辰日，太后在通天宫举行盛大祭祀典礼，大赦天下，更改年号。庚戌日，娄师德担任纳言。
甲寅日，太后对身边的大臣说：“前不久周兴、来俊臣审理案件，常常牵连朝中大臣，说他们图谋造反；国家有固定的法律，朕怎敢违背！期间朕也曾怀疑案件不实，派亲近大臣到狱中当面审问，得到他们亲手写下的供状，都是自己承认谋反，朕便不再怀疑。自从周兴、来俊臣死后，就再也没听说有谋反的人了，如此说来，之前被处死的人难道没有冤屈吗？”夏官侍郎姚元崇回答说：“自垂拱年间以来，因谋反罪名被处死的人，大都是周兴等人罗织罪名诬陷的，他们还把这当作功劳。陛下派亲近大臣去审问，这些大臣自身都难保，哪里敢动摇已定的罪名！被审问的人如果翻供，害怕遭受酷刑，不如快点死去。多亏上天启发陛下圣明之心，将周兴等人处死，臣以全家百口人的性命向陛下担保，从今往后朝廷内外的大臣不会再有谋反的人；如果真有谋反的实际情况，臣甘愿承受知情不报的罪责。”太后高兴地说：“以前的宰相都顺从周兴等人，促成那些冤案，让朕沦为滥用刑罚的君主；听你这番话，十分合朕的心意。”赏赐姚元崇一千缗钱。
当时有很多人为魏元忠鸣冤，太后于是重新征召他担任肃政中丞。魏元忠前后四次被判处死刑或流放。他曾侍奉太后宴饮，太后问他：“你以前多次遭受诽谤陷害，这是为什么呢？”魏元忠回答说：“臣就像一头鹿，罗织罪名的人想要得到臣的肉做羹汤，臣又能躲避到哪里去呢！”
冬季，闰十月，甲寅日，朝廷任命幽州都督狄仁杰为鸾台侍郎，司刑卿杜景俭为凤阁侍郎，二人一同担任同平章事。
狄仁杰上奏疏认为：“上天造就四方少数民族，都位于先王划定的疆域之外，所以东边以沧海为屏障，西边以流沙为阻隔，北边横亘大漠，南边以五岭为界限，这是上天用来分隔夷狄和中原的地理界线。自有典籍记载以来，声威教化所到之处，夏、商、周三代没能达到的地方，国家都已经全部兼并了。诗人夸耀周宣王在太原讨伐戎狄，周文王的德化推行到长江、汉水流域，如此看来，三代时期边远的部族，如今都成了国家疆域之内的子民。若是向边远蛮荒之地动用武力，在极远的地方邀功求赏，耗尽府库的积蓄去争夺贫瘠不毛之地，得到那里的百姓也不足以增加赋税，获得那里的土地也不能耕种纺织，只为求得让边远夷狄臣服的虚名，不致力于巩固根本、安定百姓的治国之术，这是秦始皇、汉武帝所做的事，并非五帝、三王所推行的功业。秦始皇穷兵黩武，一心只求扩张领土，战死的人多得像乱麻一样，最终导致天下百姓溃散反叛。汉武帝征伐四方夷狄，使得百姓穷困潦倒，盗贼蜂拥而起；到了晚年他才悔悟，停止战事、罢除徭役，所以才得到上天的庇佑。近年来国家连年出兵征战，耗费日益增多，西边戍守西镇，东边戍守安东，征调徭役日益繁重，百姓空虚疲惫。如今关东地区发生饥荒，蜀地、汉水流域百姓逃亡，长江、淮河以南地区，赋税征敛从未停止，百姓无法恢复本业，相继沦为盗贼，国家的根本一旦动摇，忧患就会深重。之所以会出现这种情况，都是因为争夺蛮荒不毛之地，违背了养育百姓的治国之道。从前汉元帝采纳贾捐之的建议，废除了珠崖郡，汉宣帝采用魏相的计策，放弃了车师国的田地，难道他们是不想追求虚名吗，只是顾忌劳顿百姓罢了。近在贞观年间，朝廷平定了突厥九姓，拥立李思摩为可汗，让他统领各部族，大概是因为夷狄反叛就讨伐他们，归降就安抚他们，这符合推翻亡国、巩固存国的道理，又没有长途戍守、劳顿百姓的徭役，这是近代治理边疆的典范，安抚边境的先例。臣私下认为应当拥立阿史那斛瑟罗为可汗，将安西四镇托付给他，恢复高丽高氏已经断绝的国家，让他们镇守安东。节省远方的军费开支，集中兵力驻守边塞，让夷狄没有侵犯中原的祸患就可以了，何必非要扫荡他们的巢穴，与蝼蚁一般的夷狄争长短呢！只应当敕令边境驻军，谨慎加强防守，多派遣侦察兵，积聚物资粮草，等敌人来犯，再出兵反击。以逸待劳就能让战士的战斗力加倍，以主人的身份抵御客军就能占据有利地势，坚壁清野就能让敌军一无所得；这样一来，敌人如果深入我方领土就会有覆灭的忧虑，浅入进犯也必定没有掳获的好处。如此坚持数年，就可以让突厥、契丹这两个敌寇不用出兵攻打就归服了。”虽然这件事没有得到施行，但有识之士都认为狄仁杰的建议是正确的。
凤阁舍人李峤掌管天官选官事务，开始设置数千名员外官。
在此之前，朝廷历任官员都把当月当作正月，把腊月当作闰月。太后想要让正月甲子日初一恰逢冬至，于是下诏规定：“上月的月末仍然出现月亮，违背了天道常规。可以将本月定为闰月，下月定为正月。”
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