圣历元年，公元698年，正月甲子朔日，恰逢冬至，太后在通天宫举行祭祀大典；大赦天下，更改年号为圣历。
夏官侍郎宗楚客被罢免宰相职务。
春季，二月乙未日，文昌右相、同凤阁鸾台三品豆卢钦望被罢免，改任太子宾客。
武承嗣、武三思谋求当太子，屡次派人劝说太后道：“自古以来，天子没有立异姓人为继承人的。”太后对此犹豫不决。狄仁杰常常从容地对太后说：“太宗皇帝栉风沐雨，亲冒枪林箭雨，平定天下，将皇位传给子孙。高宗皇帝将两个儿子托付给陛下。陛下如今却想将皇位传给外姓之人，这恐怕违背了天意吧！况且姑侄与母子相比，哪一个更亲？陛下立儿子为太子，那么千秋万岁之后，能在太庙中配享祭祀，子孙后代承继皇位，无穷无尽；立侄子为太子，我从没听说过侄子当了天子，而将姑姑的牌位供奉在太庙中的。”太后说：“这是朕的家事，你不必干预。”狄仁杰说：“君王以四海为家，四海之内，谁不是陛下的臣妾，哪一件事不是陛下的家事！君主是元首，臣子是四肢，君臣本为一体，何况臣身任宰相，岂能不干预呢！”他又劝说太后召回庐陵王。王方庆、王及善也一同劝谏。太后心里渐渐醒悟。有一天，太后又对狄仁杰说：“朕梦见一只大鹦鹉，两只翅膀都折断了，这是什么意思？”狄仁杰回答说：“‘武’是陛下的姓氏，两只翅膀就是陛下的两个儿子。陛下若能扶起这两个儿子，那么两只翅膀就可以振翅高飞了。”太后从此便打消了立武承嗣、武三思为太子的念头。
孙万荣包围幽州的时候，曾向朝廷递送檄文说：“为什么不把庐陵王还给我们？”吉顼与张易之、张昌宗都担任控鹤监供奉，张易之兄弟亲近信任他。吉顼从容地劝说二人道：“你们兄弟二人现在尊贵受宠到这种地步，并不是凭借品德功业得来的，天下对你们怒目而视、咬牙切齿的人多得是。如果不立下大功于天下，凭什么保全自身呢？我私下里为你们担忧啊！”二人十分恐惧，流着泪询问计策。吉顼说：“天下的士人百姓还没有忘记唐朝的恩德，都还思念庐陵王。主上年事已高，大业必须有所托付；武氏诸王并不是主上中意的人选。你们何不从容地劝说主上立庐陵王为太子，以维系天下苍生的期望！这样一来，你们不仅能免除祸患，还可以长久地保有富贵。”二人认为他说得有道理，便趁机多次向太后进言。太后知道这个计谋出自吉顼，于是召见他询问，吉顼又向太后详细陈述其中的利害关系，太后的心意这才最终确定下来。
三月己巳日，太后谎称庐陵王生病，派遣职方员外郎瑕丘人徐彦伯征召庐陵王和他的妃子、众子女到太后的行宫治病。戊子日，庐陵王抵达神都洛阳。
夏季四月庚寅朔日，太后祭祀太庙。辛丑日，朝廷任命娄师德担任陇右诸军大使，仍兼任检校营田事。
六月甲午日，太后命令淮阳王武延秀前往突厥，迎娶默啜的女儿为王妃；任命豹韬卫大将军阎知微代理春官尚书，右武卫郎将杨齐庄代理司宾卿，携带数以亿计的金银绢帛护送武延秀。武延秀，是武承嗣的儿子。
凤阁舍人襄阳人张柬之上谏道：“自古以来，从没有中原亲王迎娶夷狄女子为妻的先例。”因此违背了太后的旨意，被贬为合州刺史。
秋季七月，凤阁侍郎、同平章事杜景俭被罢免，改任秋官尚书。
八月戊子日，武延秀抵达黑沙突厥王庭。突厥首领默啜对阎知微等人说：“我想把女儿嫁给李氏皇族子弟，哪里需要武氏的小儿！这难道是天子的儿子吗！我突厥世代蒙受李氏的恩德，听说李氏皇族已经被全部消灭，只剩下两个儿子还在，我现在要率军辅佐他们，拥立他们为天子。”于是将武延秀拘禁在别处，任命阎知微为南面可汗，说要让他掌管唐朝的百姓。随后便发兵袭击静难、平狄、清夷等军，静难军使慕容玄崱率领五千士兵投降突厥。突厥的势力因此大为强盛，进而进犯妫州、檀州等地。之前跟随阎知微出使突厥的人，默啜都赏赐给他们五品、三品官服，太后得知后，全部予以剥夺。
默啜送信给朝廷，历数朝廷的罪状说：“给我的谷种是蒸熟的，种下后不发芽，这是第一条罪状。送来的金银器皿全都质地粗劣，不是真货，这是第二条罪状。我赐给使者的红、紫色官服，都被朝廷夺走，这是第三条罪状。送来的丝绸布匹都稀疏粗恶，这是第四条罪状。我可汗的女儿应当嫁给天子的儿子，武氏是小姓门第，门户不相匹配，却假冒联姻，这是第五条罪状。我因此起兵，打算攻取黄河以北的土地。”
监察御史裴怀古跟随阎知微出使突厥，默啜想要任命他为官，裴怀古拒不接受。默啜将他囚禁起来，准备处死，裴怀古趁机逃回；抵达晋阳时，他形容憔悴。当地的精锐骑兵喧哗聚集，认为他是突厥的间谍，想要砍下他的头颅邀功请赏。有一名果毅都尉曾经被人冤枉，裴怀古为他平反昭雪，这时他大声呼喊说：“这是裴御史啊！”于是救下裴怀古，使他得以保全性命。裴怀古回到都城后，太后召见他，提拔他为祠部员外郎。
当时各州听说突厥进犯，正值秋收时节，却争相征发百姓修筑城池。卫州刺史太平人敬晖对僚属说：“我听说，再坚固的城池，如果没有粮食也守不住，怎么能舍弃秋收而去修筑城郭呢？”于是下令将筑城百姓全部遣返，让他们回乡收割庄稼，百姓们都十分高兴。
甲午日，鸾台侍郎、同平章事王方庆被罢免，改任麟台监。太子太保魏宣王武承嗣，因为没能当上太子，心中郁郁不乐，戊戌日，生病去世。庚子日，朝廷任命春官尚书武三思为检校内史，狄仁杰兼任纳言。
太后命令宰相各自举荐一名尚书郎，狄仁杰举荐了自己的儿子司府丞狄光嗣，狄光嗣被任命为地官员外郎，不久后胜任此职。太后高兴地说：“你足以继承祁奚举贤不避亲的美德了！”
通事舍人河南人元行冲，学识渊博，通晓古今，狄仁杰十分器重他。元行冲屡次劝谏狄仁杰，并且说：“凡是经营家业的人，必定储备肉干肉酱来满足口味，储备人参白术来治病。我私下里想，明公的门下，珍贵的美味已经很多了，我请求充当备用药材的角色。”狄仁杰笑着说：“你是我药笼里的药材，怎么能一天没有呢！”元行冲原名元澹，世人多称呼他的字。
朝廷任命司属卿武重规为天兵中道大总管，右武卫将军沙吒忠义为天兵西道总管，幽州都督下邽人张仁愿为天兵东道总管，率领三十万大军讨伐突厥默啜；又任命左羽林卫大将军阎敬容为天兵西道后军总管，率领十五万大军作为后援。
癸丑日，默啜进犯飞狐；乙卯日，攻陷定州，杀死刺史孙彦高以及官吏百姓数千人。
九月，甲子日，朝廷任命夏官尚书武攸宁为同凤阁鸾台三品。朝廷将突厥默啜改称为斩啜。
默啜派阎知微到赵州招抚劝降，阎知微和突厥人一起在城下手拉手跳《万岁乐》舞。将军陈令英在城楼上对他说：“尚书身居高位，责任重大，竟然为敌寇跳舞，难道不感到惭愧吗！”阎知微低声吟唱道：“实在是不得已啊，跳一曲《万岁乐》。”
戊辰日，默啜率军围攻赵州，长史唐般若打开城门，接应突厥军队入城。刺史高睿和妻子秦氏喝下毒药，假装死去，突厥人将他们抬到默啜面前，默啜拿出金狮子带、紫袍给他们看，说：“投降就封官，不投降就处死！”高睿回头看向妻子，妻子说：“报答国家的恩德，正在今天！”于是二人都闭上眼睛，一言不发。过了两夜，突厥人知道他们终究不肯屈服，便将他们杀死。突厥军队撤退后，唐般若被灭族；朝廷追赠高睿为冬官尚书，谥号为节。高睿，是高颎的孙子。
皇嗣李旦坚决请求将太子之位让给庐陵王，太后应允了他。壬申日，朝廷立庐陵王李哲为皇太子，恢复他的原名李显。大赦天下。
甲戌日，朝廷任命太子李显为河北道元帅，率军讨伐突厥。在此之前，朝廷招募士兵，一个多月还没招满一千人，等到听说太子担任元帅，应募的人从四面八方涌来，没过多久，人数就超过了五万。
戊寅日，朝廷任命狄仁杰为河北道行军副元帅，右丞宋玄爽为长史，右台中丞崔献为司马，左台中丞吉顼为监军使。当时太子没有前往军中，朝廷命令狄仁杰代理元帅事务，太后亲自为他送行。
蓝田县令薛讷，是薛仁贵的儿子，太后提拔他为左威卫将军、安东道经略。即将出发的时候，薛讷对太后说：“太子虽然已经册立，但外面的议论还在疑虑不定；如果册立太子的命令不再改变，那么平定突厥小贼就不在话下了。”太后深表赞同。王及善请求让太子到外朝接见百官，以安定人心，太后听从了他的建议。朝廷任命天官侍郎苏味道为凤阁侍郎、同平章事。苏味道前后担任宰相数年，处事圆滑，阿谀奉承，取悦于人，他曾经对人说：“处理事情不应该太过明白，只要模棱两可，持折中态度就可以了。”当时的人都称他为“苏摸棱”。
癸未日，突厥默啜将掳掠来的赵州、定州等地的男女一万多人全部杀死，从五回道撤军离去，所经过的地方，被杀死和掳掠的人不计其数。沙吒忠义等人只敢率领军队尾随跟踪，不敢逼近攻击。狄仁杰率领十万大军追击，却没有追上。默啜返回漠北后，拥兵四十万，占据土地万里，西北各族都归附于他，他便生出了轻视中原王朝的念头。
冬季，十月，太后下诏：京城的驻军，命令河内王武懿宗、九江王武攸归统领。
癸卯日，朝廷任命狄仁杰为河北道安抚大使。当时黄河以北地区的百姓，有被突厥逼迫而顺从的，突厥军队撤退后，他们害怕被朝廷诛杀，往往逃亡躲藏起来。狄仁杰上奏疏认为：“朝廷议事的官员都主张治罪被契丹、突厥胁迫顺从的人，说他们虽然行为表现不同，但背叛朝廷的本心没有差别。实在是因为崤山以东地区近来由于军需调动征发，百姓负担沉重，家境全都破败，有的甚至逃亡。再加上官吏侵夺吞没百姓财产，借机生事，在严刑拷打之下，百姓痛苦不堪，在情势危急的情况下，便顾不得礼义廉耻了。生活在愁苦的环境中，百姓无法安居乐业，哪里有利可图就归向哪里，姑且谋求延缓死亡，这是君子感到羞愧耻辱的事情，却是小人的寻常行径。此外，各城邑沦陷于叛军之手，有的是在等待朝廷大军的救援，将士们为了求取功劳，都说是自己率军攻克的，臣担心这样会出现滥行赏赐的情况，也恐怕会有百姓无辜获罪。因为这些地方曾经落入叛军手中，就被视为险恶之地，以至于出现污辱当地百姓的妻子儿女、劫掠财物的事情，士兵们明明知道这样做是不仁义的，而士大夫也无法避免祸患，这实在是叛军平定之后，造成的祸患更加深重啊。况且叛军致力于招抚怀柔百姓，秋毫无犯，如今这些百姓归附朝廷，就是安分守己的平民，反而遭受摧残伤害，怎能不让人悲痛！百姓就像水一样，堵塞它就会成为泉水，疏导它就会成为河流，通畅与阻塞都顺着水流的趋势，哪里有固定不变的本性呢！如今这些获罪的百姓，必定不在家中，而是露宿荒野，在草莽中奔走，潜藏逃窜在山林河泽之中，赦免他们，他们就会走出躲藏之地，不赦免他们，他们就会铤而走险，崤山以东地区的众多盗贼，就是因此而聚集起来的。臣认为边境的战事暂时兴起，不值得忧虑，而中原地区不安定，才是大事。治罪他们，就会使民心恐惧，宽恕他们，那些心怀不安的人就会安定下来。恳请太后特赦黄河以北各州的百姓，一律不予追究。”太后下诏采纳了他的建议。狄仁杰于是安抚慰问百姓，将被突厥掳掠的人，全部遣送回原籍。发放粮食救济贫困的百姓，修整驿站，以便利撤军的将士。他担心各位将领以及使者胡乱索要供给，于是自己吃粗茶淡饭，下令手下不得侵扰百姓，有违犯的人，必定斩首。黄河以北地区于是恢复了安定。
朝廷任命夏官侍郎姚元崇、秘书少监李峤同为同平章事。
突厥默啜撤离赵州后，才释放阎知微，让他返回朝廷。太后下令将阎知微绑在天津桥南，处以车裂之刑，让文武百官一起向他射箭，随后又将他的肉割下吃掉，将骨头剁碎，诛灭他的三族，就连远亲中有的从未相识的人，也一同被处死。
褒公段瓒，是段志玄的儿子，先前就陷落在突厥。突厥军队在赵州的时候，段瓒邀请杨齐庄和自己一同逃跑，杨齐庄胆小怯懦，不敢动身。段瓒独自先行逃回，太后赏赐了他。杨齐庄不久之后也逃回朝廷，太后下令让河内王武懿宗审讯他；武懿宗认为杨齐庄心怀犹豫，于是将他和阎知微一同处死。处刑时，杨齐庄被射得像刺猬一样，气息奄奄还没有断气，行刑的人于是剖开他的腹部，割下他的心脏扔在地上，心脏还在不停地跳动。朝廷提拔田归道为夏官侍郎，十分亲近信任他，委以重任。
蜀州每年都派遣五百名士兵戍守姚州，路途艰险遥远，士兵死亡的人数很多。蜀州刺史张柬之上言认为：“姚州原本是哀牢国的土地，地处边远蛮荒之地，山高水深。国家开辟此地设置州郡，不曾得到当地的盐布赋税，也没有得到可用的士兵，反而耗尽了府库的积蓄，驱使平民百姓，到蛮荒之地服徭役，致使他们肝脑涂地，臣私下里为国家感到惋惜。恳请废除姚州，将其隶属于巂州，让当地首领每年按时入朝觐见，如同藩国一样。泸水以南的各个军镇也都予以废除，在泸水以北设置关卡，百姓如果不是奉命出使，不得与泸水以南的人相互往来。”奏疏呈上后，太后没有采纳。
圣历二年，公元699年，正月丁卯朔日，太后在通天宫举行宣读朔日政令的仪式。壬戌日，朝廷封皇嗣李旦为相王，兼任太子右卫率。
甲子日，朝廷设置控鹤监丞、主簿等官职，任职的大多是太后的亲信宠臣，也选拔了一些有才能、有文才的人参与其中。任命司卫卿张易之为控鹤监，银青光禄大夫张昌宗、左台中丞吉顼、殿中监田归道、夏官侍郎李迥秀、凤阁舍人薛稷、正谏大夫临汾人员半千都担任控鹤监内供奉。薛稷，是薛元超的侄子。员半千认为古代没有控鹤监这样的官职，而且聚集在这里的人大多是轻浮浅薄之徒，于是上疏请求废除这个机构；因此违背了太后的旨意，被贬为水部郎中。
腊月戊子日，朝廷任命左台中丞吉顼为天官侍郎，右台中丞魏元忠为凤阁侍郎，二人一同担任同平章事。
文昌左丞宗楚客和他的弟弟司农卿宗晋卿，因贪赃受贿数额超过一万缗，且府第规模过度奢华而获罪，宗楚客被贬为播州司马，宗晋卿被流放峰州。太平公主参观他们的府邸后，感叹道：“看到他们的住处，我们这些人简直是白活了！”
辛亥日，太后赐太子李显姓武氏；大赦天下。太后长出了两道重叠的眉毛，呈八字形，文武百官都前来祝贺。朝廷在黄河南北设置武骑团，以防备突厥进犯。
春季，一月庚申日，夏官尚书、同凤阁鸾台三品武攸宁被罢免，改任冬官尚书。
二月己丑日，太后前往嵩山，途经缑氏县，拜谒升仙太子庙。壬辰日，太后身体不适，派遣给事中栾城人阎朝隐到少室山祈祷。阎朝隐自己充当祭品，沐浴后趴在祭祀用的礼器上，请求代替太后承受病痛。太后的病情稍有好转，便重重赏赐了他。丁酉日，太后从缑氏县返回都城。
起初，吐蕃赞普器弩悉弄年纪还小，论钦陵兄弟执掌朝政，他们都有勇有谋，周边各少数民族都畏惧他们。论钦陵在朝中主持政务，他的弟弟们手握兵权，分别镇守各地，赞婆常年驻守吐蕃东部边境，成为唐朝边境的祸患长达三十多年。器弩悉弄渐渐长大，暗中与大臣论岩谋划诛杀论钦陵兄弟。恰逢论钦陵外出，赞普谎称外出打猎，召集士兵抓获论钦陵的亲信党羽两千多人，将他们全部处死，然后派遣使者召论钦陵兄弟回朝，论钦陵等人起兵，拒不接受命令。赞普率军讨伐他们，论钦陵兵败，自杀身亡。夏季，四月，赞婆率领部下一千多人前来投降，太后命令右武卫铠曹参军郭元振和河源军大使夫蒙令卿率领骑兵迎接他，任命赞婆为特进、归德王。论钦陵的儿子弓仁，率领所统辖的七千帐吐谷浑部众前来投降，被任命为左玉钤卫将军、酒泉郡公。
壬辰日，朝廷任命魏元忠为检校并州长史，充任天兵军大总管，以防备突厥。任命娄师德为天兵军副大总管，仍兼任陇右诸军大使，专门负责安抚归降的吐蕃部众。
太后年事已高，担心自己死后太子与武氏诸王不能和睦相处。壬寅日，太后命令太子李显、相王李旦、太平公主和武攸暨等人立下誓文，在明堂祭告天地，将誓文刻在铁券上，收藏在史馆中。
秋季，七月，朝廷命令建安王武攸宜留守西京长安，接替会稽王武攸望。丙辰日，吐谷浑部落一千四百帐归附唐朝。
八月，癸丑日，突骑施首领乌质勒派遣他的儿子遮弩入朝觐见。朝廷派遣侍御史元城人解琬安抚乌质勒以及西突厥十姓部落。
太后下诏：“各州县长官，没有上奏并得到朝廷的敕令，不得擅自为自己立碑。”
内史王及善虽然没有渊博的学识，但他清廉正直、意志坚定，具备大臣的气节。张易之兄弟每次侍奉太后在内宫宴饮，全然不顾人臣的礼节；王及善屡次上奏，认为他们的行为不可取。太后很不高兴，对王及善说：“你既然年事已高，就不适合再侍奉宴饮游乐了，只负责在宫中检查政务就可以了。”王及善于是称病请假，一个多月没有上朝；太后也不过问。王及善叹息道：“哪有身为中书令，天子却可以一天不见的道理呢？事情的结果可想而知了！”于是上疏请求退休，太后没有准许。庚子日，朝廷任命王及善为文昌左相，太子宫尹豆卢钦望为文昌右相，二人仍一同担任同凤阁鸾台三品。鸾台侍郎、同平章事杨再思被罢免，改任左台大夫。丁未日，相王李旦兼任检校安北大都护。朝廷任命天官侍郎陆元方为鸾台侍郎、同平章事。
本年，纳言、陇右诸军大使娄师德去世。
娄师德在黄河、陇右地区任职，前后四十多年，恭敬勤勉，从不懈怠，当地的百姓和少数民族都安居乐业。他生性沉稳宽厚，待人宽恕，狄仁杰能够入朝担任宰相，实际上是娄师德举荐的；但狄仁杰并不知道这件事，心里很轻视娄师德，多次排挤他到外地任职。太后察觉到这件事，曾经问狄仁杰说：“娄师德贤能吗？”狄仁杰回答说：“作为将领，他能谨慎地守卫边疆，至于贤能与否，臣就不知道了。”太后又问：“娄师德善于识别人才吗？”狄仁杰回答说：“臣曾经和他共事，没听说过他善于识别人才。”太后说：“朕之所以了解你，就是娄师德举荐的，他也可以称得上是善于识别人才了。”狄仁杰退出后，感叹道：“娄公有高尚的德行，我被他包容了这么久，我竟然都没有察觉。”当时罗织罪名诬陷他人的风气盛行，娄师德长期担任将相，却唯独能够凭借功名善终，人们因此十分敬重他。戊申日，朝廷任命武三思为内史。
九月，乙亥日，太后前往福昌县；戊寅日，返回神都洛阳。庚子日，邢贞公王及善去世。
接着，黄河泛滥，冲毁了济源百姓的一千多家房屋。
冬季，十月，丁亥日，论赞婆抵达都城，太后对他恩宠优待，赏赐十分丰厚，任命他为右卫大将军，让他率领部众驻守洪源谷。
太子李显、相王李旦的几个儿子再次离开皇宫，到宫外居住。
太后自从临朝称制以来，大多任命武氏诸王和驸马都尉担任成均祭酒，博士、助教也大多不是儒家学者。又借着郊外祭祀天地、在明堂祭祀、拜谒洛水、封禅嵩山等活动，选取弘文馆和国子监的学生担任斋郎，这些人因此得以被选拔补任官职。从此学生们不再专心研习学业，二十年间，学校几乎荒废，而从前被酷吏诬陷的人，他们的亲友流离失所，没能得到赦免宽恕。凤阁舍人韦嗣立上疏认为：“如今世俗风气轻视儒学，先王传下的治国之道，废弛而不被讲求。应当命令王公以下的子弟，都进入国学读书，不允许通过其他途径获取官职。此外，自从扬州、豫州起兵以来，钦犯案件逐渐增多，酷吏趁机专事杀人来谋求晋升。多亏陛下圣明，周兴、丘神积、王弘义、来俊臣等人接连被诛杀，朝野上下欢庆太平，如同再次看到了春天的和煦景象。至于像狄仁杰、魏元忠这样的人，过去遭受审讯，也都被迫承认有罪，如果不是陛下明察秋毫，他们早已经被处死了；如今陛下提拔重用他们，他们都成为了贤良的辅佐之臣。为什么他们从前被认为有罪，而后来又被视为贤能呢？实在是因为他们遭受了冤枉陷害，而后才得以甄别辨明。臣担心过去蒙受冤屈而获罪的人还有很多，情况也都和他们一样。恳请陛下弘扬天地般的仁爱，广施雷雨般的恩泽，自垂拱年间以来，无论罪行轻重，一律予以昭雪，死去的人追复原有的官爵，活着的人准许返回故乡。这样一来，天下人就都会知道从前的冤狱滥刑，并非陛下的本意，都是狱吏的罪过，阴间和阳间的人都会欢欣鼓舞，感应到祥和之气。”太后没有采纳他的建议。
韦嗣立，是韦承庆的异母弟弟。他们的母亲王氏，对待韦承庆十分苛刻，每次鞭打韦承庆时，韦嗣立必定会解开衣服请求代替兄长受罚；母亲不允许，他就私下里自己鞭打自己，母亲的态度因此逐渐变得温和。韦承庆担任凤阁舍人时，因为生病辞去官职。韦嗣立当时担任莱芜县令，太后召见他说：“你的父亲曾经说过：‘臣有两个儿子，都能够侍奉陛下。’你们兄弟在任上的表现，确实像你们的父亲所说的那样。朕现在让你接替兄长的职位，不再任用其他人。”当天就任命韦嗣立为凤阁舍人。
这一年，突厥默啜立他的弟弟咄悉匐为左厢察，骨笃禄的儿子默矩为右厢察，二人各自统领两万多名士兵；立他的儿子匐俱为小可汗，地位在左、右厢察之上，统领处木昆等西突厥十姓部落，拥有四万多名士兵，又号称拓西可汗。
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